При пътуванията си "ВИТОША ЕКСПРЕС" е имал строго регламентиран ред на включване на вагоните в състава. Това се е правело с цел оптимално разполагане на служебните, специализираните и официални вагони.
При пътуване на цялата 10 вагонна композиция се е процедирало по следния ред:
ЛОКОМОТИВ, вагон 078, следван от вагон 070, след него съответно 071 и 072, ресторант 075, вагон - кухня 076, вагоните за обслужващ персонал и охрана 073 и 074, радио-свързочен вагон 077 и на опашката на влака, автомобилния вагон 079.
Имало е случаи, в които някои от вагоните не се включват, поради което са се прилагали и други схеми на композиране. Основните правила обаче при композиране на влака са били:
1. Вагон - генератора се поставя винаги след локомотива, тъй като същия е и служебен за началника на влака;
2. Личния вагон на Т. Живков винаги е първи след вагон 078;
3. Вагон - ресторанта 075 и вагон - кухнята 076 винаги се разполагат един до друг;
4. Вагона за превоз на автомобили винаги се разполага на края на влака;